Село впервые упоминается в 1660 году, и было населено крестьянами с Приднепровья. Раньше время основания выводили с 1655 года на основе документа «память Григорию Спешневу», опубликованного Филаретом, но архивист В.В. Страшко определил, что тот документ касается основания не Липцев, а Харькова.
Население в 1779 году, согласно «Ведомости, из каких именно городов и уездов Харьковское наместничество составлено и сколько было в них душ на 1779 год», было довольно большим: 1431 «войсковой обыватель», 48 цыган, 136 «владельческих подданных мелкопоместных помещиков» и 13 «однодворцев» поручика Петра Черняка. Таким образом, Липцы в том году были вторым по размеру населённым пунктом Харьковского уезда (1641 м.), уступая только войсковой слободе Деркачи (2433).
С 1923 года и до начала Великой Отечественной войны село являлось центром Липцевского района Харьковской области.
В 1940 году в посёлке были 1055 дворов, три ветряные мельницы, бойня и Липцевский районный совет.
Великая Отечественная война
В Великую Отечественную войну на территории села велись кровопролитные бои, село отвоёвывалось и переходило из рук в руки по два раза; 10 августа 1943 года село было окончательно освобождено. В Липцах в середине августа 1943 года при освобождении Харькова от немецкой оккупации находился штаб 69-й армии Степного фронта Советской армии (командующий — Крючёнкин, Василий Дмитриевич).
В годы войны более пятисот жителей села воевали на фронтах в рядах Советской армии; из них погибли 210 воинов; 400 липчан были награждены боевыми орденами и медалями СССР.
Послевоенные годы
В 1966 году население составляло 3329 человек. В 1970-1980-х годах на юго-востоке посёлка были построены: Липцевская ООШ І-ІІІ ступеней (Октябрьская), отделение милиции, завод «Уиндивит», детский сад, а также большое количество 4-этажных домов.
Вторжение России
Село было оккупировано российской армией 24 февраля 2022 года, в первый день вторжения России в Украину. В качестве баз российские военные использовали отделение полиции и детский сад. Освобождено в середине сентября 2022 года в ходе контрнаступления в Харьковской области.
