Родился Саенко в 1886 году в рабочей семье в Полтаве. Он помогал отцу в столярной мастерской, но не гнушался и кражами. Несмотря на то, что документов не сохранилось, есть основания полагать, говорят исследователи, что Степан Саенко в молодости был осужден «по уголовке» и пару лет провел на каторге. Когда началась Первая мировая война, Степан Саенко довольно долго ухитрялся уклоняться от мобилизации, однако в 1916 году его таки отправили на фронт. Но, как известно, армия тогда была смертельно поражена большевистской агитацией. Саенко дезертирует в Харьков.
Именно этот город и станет ареной его дальнейшей жуткой деятельности. Тогда Харьков бурлил революционными идеями и изобиловал разнообразными политическими партиями. Саенко остановился на РСДРП, как на одной из самых радикальных, и при этом не брезгующих участием откровенно уголовного элемента. По заданию горкома партии большевиков, Саенко приступил к организации Красногвардейского отряда. Боевиков себе Степан Афанасьевич набирал из бывших уголовников и разнообразной «гопоты». Этим-то отрядом он и командовал в октябрьские дни 1917 года. Когда советская власть в Харькове утвердилась окончательно, Саенко был назначен на работу в уголовный розыск, а оттуда он перешел, сделав карьерный скачок, на должность командира отряда ЧОН Харьковского губисполкома. Работал Саенко под началом большевика Павла Кина (кличка Андрей). Это была примечательная личность.
В свое время Кин был участником боевых дружин Якова Свердлова в Екатеринбурге, и вместе с ним в одной из таких дружин подвизался ни кто иной, как Янкель Юровский – палач царской семьи. Павел Кин был в должности Военно-революционного коменданта Харькова, и вскоре делает Саенко своим заместителем. Именно Кину принадлежит идея создания в Харькове концентрационного лагеря. Дело в том, что заключенных через год после октябрьского переворота было так много, что новой власти просто негде было их размещать. И тогда Декретом Совнаркома о «Красном терроре» от 5 сентября 1918 было санкционировано создание концлагерей. Один из первых появился в Харькове. Его адрес, слишком хорошо известен харьковчанам старшего поколения -- ул. Чайковской, дом № 5. Комендант Саенко был в то же время и главным палачом лагеря. По свидетельствам современников и очевидцев, револьвер он применять не любил, очень уж просто выходило. Саенко нравилось терзать и мучить людей, добиваясь того, что смерть становилась для несчастного желанной и недостижимой, как мечта.
В концлагере на улице Чайковского людей распинали, резали на куски, сдирали с живых кожу, скальпировали, хоронили живьем. Одному с таким объемом работ, понятное дело, справиться было невозможно, но у Саенко были достойные своего начальника подручные. Он набрал их из уголовников, военнопленных и китайцев. Всего в комендантском взводе насчитывалось 37 человек. По приблизительному подсчету, большевиками было убито и замучено в Харькове свыше 1000 человек. Жуткая слава Саенко быстро распространилась за пределы Харькова. Имя его можно найти в «Хождении по мукам» Толстого, в произведениях Велимира Хлебникова.
Его боялся даже легендарный Махно, который, как говорят, не боялся никого и ничего. Сохранились страшные кадры извлечения изувеченных тел из братской могилы концлагеря. Эта эксгумация была проведена по приказу деникинской комиссии, когда белогвардейцы заняли город, выбив оттуда красных. Тела передавали родственникам для достойного погребения, и все снималось на пленку и фотографировалось. Видеть эти неважного качества черно-белые кадры невозможно и теперь. Потом красные вновь взяли Харьков, и на сей раз советская власть пришла в город всерьез и надолго. В 20-е годы Саенко -- верховный следователь наркомата юстиции, арбитр Харьковского губисполкома. Он вновь прославился казнями. Но на сей раз, не тайными истязаниями в застенках концлагеря, а вполне себе публичными повешениями воров и прочих уголовников. Заключение в тюрьму подобной публики Саенко считал непозволительной роскошью, предпочитая вешать вчерашних соратников без суда и следствия в людных местах – для пущей назидательности.
Говорят, однажды местные урки решили положить конец деятельности верховного следователя наркомата юстиции, и подкараулили его в темном переулке ночью. Увидев возникшие из мрака на его пути темные фигуры, Саенко немедленно достал маузер и положил всех. Этому человеку не откажешь в смелости и умении действовать быстро и эффективно. В 1938 году Саенко уже был на мирной должности директора завода «Красный октябрь» (Харьковский машиностроительный завод). Большинство старых чекистов и большевиков, в свое время установивших в Харькове и на Украине советскую власть, были уже арестованы и репрессированы. Пришли и за Саенко. И что же?
Матерый чекист встретил их на пороге с гранатой в руке. «Вы меня знаете, -- сказал он тихо и угрожающе, -- подорву всех!». Они его знали. И поэтому уехали, рассудив, что возьмут позже, днем. Но не пришлось. Днем ситуация изменилась, и уже некоторые из тех, кто распорядился арестовать Саенко, были арестованы сами. В период фашистской оккупации Саенко даже руководил подпольной группой. О деятельности ее, впрочем, сведений почти не сохранилось. Правда, есть историки, которые считают, что Саенко был в эвакуации. Как бы там ни было, но жизнь свою «страшный комиссар Саенко» (из «Хождения по мукам» Толстого) доживал тихо и незаметно. Был пенсионером союзного значения. Пописывал стихи на досуге. Возможно, к нему по большим праздникам даже приходили пионеры и приносили ему красочные, собственноручно нарисованные открытки. Степан Саенко умер 17 августа 1973 года. На его могиле стоит памятник с надписью: «Спи спокойно, дорогой Степочка».
