Мультфильм поставлен по роману англо-американской писательницы Фрэнсис Элизы Бёрнетт. Маленькая Мэри жила в Индии с мамой и папой счастливо и беззаботно, пока начавшаяся эпидемия холеры не сделала ее сиротой. Оставшись одна, девочка едет в Англию, к своему дяде Медлоку. Поместье и дом дядюшки приводят Мэри в восторг, ей здесь все нравится. Правда, есть один маленький недостаток: дядя Медлок не любит детей, которые всегда и везде суют свой нос, его жизнь и его дом окружены какой-то тайной.
