Часто неосяжні наукою процеси ми зводимо в ранг найбільших таємниць і загадок, а численні домисли лише заважають побачити реальність. Наприклад, безліч чуток дотепер розповсюджується про печери Києво-Печерської лаври. Ось вже багато століть нетлінні мощі, що зберігаються там, залишаються загадкою для дослідників і предметом поклоніння для віруючих. Розповсюджувалися чутки, нібито взуття на ногах святих виявлялося стертим, а самі мощі мають дивовижний аромат. Про печери мандрівники XVI ст. говорили, що по ним можна дістатися до Чернігова, а то і Москви, що їх вирили італійці і зсередини вони оббиті міддю.
Існує декілька припущень про те, коли саме преподобний Антоній оселився в одній з т.з. Варязьких печер.
Найбільш правдоподібним вважається 1051 р. Варязькими печери названі тому, що ще до заснування монастиря тут зупинялися варязькі купці, які плили по річковому шляху «з варягів у греки». Саме там — в т.з. Дальніх печерах, поселилися перші ченці монастиря. У 1057 р. преподобний Антоній, що прагнув до усамітнення, переселився на інший схил пагорба, де викопав для себе нову підземну келію — першу з т.з. Ближніх печер. Але і тут навколо Антонія зібралися ченці. Так виникли два комплекси печер — Ближні (Антонієві) і Дальні (Феодосієві). Загальна довжина печер обчислюється лише сотнями метрів, а не кілометрами, як стверджували середньовічні мемуаристи.
У Києво-Печерському монастирі померлих ховали в спеціальних нішах - «локулах», з яких тіла діставали через три роки, щоб перевірити їх стан. Якщо тіло стлівало, останки переносилися в спеціальну костницю, якщо ні — нетлінні мощі закривали іконою і перед ними молилися. З XVI ст. мощі почали перекладати в спеціальні гробниці — раки, і виставляти для поклоніння прочан.
Що ж таке мощі? Абсолютно не те саме, що мумії. Мощі ніхто не бальзамує, їх не піддають спеціальній обробці. Святі мощі — останки благочестивих людей, тіла яких після смерті зберігаються непошкодженими повністю або частково. Як показують рентгенівські дослідження, в них є всі внутрішні органи, що є неможливим після бальзамування. Для збереження тіл святих їх лише змочували спеціальним миром, рецепт приготування якого ченці утримали в таємниці. Не виключено, що в цій речовині і криється загадка святих мощів. Щоправда, зараз для боротьби з грибковими захворюваннями мощі піддають профілактичній обробці — час від часу виносять на сонце. До 1917 р. у Лаврі навіть існувало спеціальне приміщення для просушування мощів - «мощесушарня».
У срібних і скляних посудинах в печерах утримуються і окремі черепи — т.з. «мироточиві голови», що виділяють запашну рідину, — миро. За консистенцією воно нагадує рослинне масло, проте має витончений квітковий аромат. Ця речовина скупчується на поверхні черепів, і ченці збирають його. У радянські часи були проведені лабораторні дослідження мира. Виявилось, що це — очищене масло з вмістом білків, властивих тільки живим організмам, і синтезувати такий білок неможливо.
Загадкою є і те, що мощі святих дотепер мають дуже сильне біоенергетичне поле, особливо мощі лікаря Агапіта. Учені пояснюють це тим, що стародавні ченці були вмілими екстрасенсами. Недаремно ж надбрамний чернець не пускав в монастир людей зі злими думками — як же він ці думки читав?
Гробниця в печерах Києво-Печерської Лаври
У печерах Києво-Печерської лаври зберігаються мощі дивовижних осіб — 180 святих, переважно ченців монастиря. Наприклад, в Ближніх печерах поховано більше 70 святих, серед яких, — княгиня Юліанія і святий Прохір Лебедник (помер у 1103 р.), який отримав таке прізвисько за допомогу бідним, яких він годував коржиками з лободи. У печерній церкві преподобного Антонія глибоко під землею знаходяться мощі засновника монастиря — Антонія. Над ними споруджена символічна срібна гробниця. Там же покояться архімандрит Полікарп — один з авторів «Києво-Печерського патерика», преподобний Іоанн Постник і мученики Феодор та Василь, страчені в 1091 р. князем Мстиславом Святополковичем за відмову вказати місце, де заховані варязькі скарби, знайдені ними в печері. У Ближніх печерах упокоїлися перший печерський ігумен Варлаам — будівельник Успенської церкви; святий Даміан Целебник; Лаврентій Затворник (помер у 1182 р.) — єпископ Туровський; Опанас Затворник (помер у 1264 р.), що пішов до печер після того, як прокинувся від летаргії, будучи похованим живцем; лікар Агапіт (помер у 1095 р.), який лікував київських князів, в т.ч. і Володимира Мономаха. Цікава розповідь про нерозлучних братів Іоанна і Феофіла, з яких Іоанн помер раніше. Коли ж хоронили Феофіла, його брат посунувся, щоб дати місце покійному. Смоленський єпископ Меркурій (помер у 1247 р.): його вбили татари, а тіло кинули до Дніпра і воно припливло до Києва, де і було поховане. Пімен Багатохворобливий (помер у 1139 р.), який після 20 років хвороби зцілився лише перед смертю, щоб обійти келії і попрощатися з братією. Нестор-Літописець (помер у 1115 р.) - автор першого староруського літопису, що створив житія святих Бориса, Гліба і преподобного Феодосія. У печерах покояться Євстратій, розіпнутий половцями у 1096 р.; Ієремія Прозорливий, який прийняв хрещення в 988 р. ще при князеві Володимирі; Мойсей (помер у 1041 р.), замучений господинею, яка не зуміла його розтлити. Інший чернець, Іоанн Багатостраждальний, в прагненні зберегти невинність закопував себе в землю до пояса і залишався в такому положенні по шість днів без їжі впродовж 30 років. Так він помер, і в такому положенні його мощі перебувають понині. Затворниками Ближніх печер були Марк Гробокопатель (помер у 1090 р.); чернігівський князь Нікола Святоша, що не цурався найважчої роботи, — він рубав дрова на монастирській кухні, вартував монастирські ворота, подавав їжу під час трапези. Ченця Григорія Чудотворця у 1094 р. втопив у Дніпрі князь Ростислав Всеволодович Переяславський за несприятливе пророцтво. Саме там спочивають мощі Онисима Затворника, Матвія Прозорливого і Алімпія Іконописця, ікони якого були відомі навіть в Константинополі. Алімпій вважався найкращим художником Русі, згідно з легендою, в роботі йому допомагали ангели. Йому приписують декілька стародавніх ікон, що зберігаються в Ростові і Москві. Серед святих Ближніх печер Києво-Печерської лаври — Ілля Муромець. Як показали дослідження, при зрості 177 см він відрізнявся атлетичною статурою. За сучасними мірками — не такий вже і богатир, але для людей періоду Київської Русі він був досить високою людиною. До того ж, вчені змогли визначити, що богатир загинув від удару списом! Також у Ближніх печерах збереглися мощі немовляти Іоанна, за переказами, убитого царем Іродом.
Дальні печери зберігають свої таємниці. Серед похоронених там затворників — преподобний Феодосій Печерський. Його печера дотепер привертає увагу паломників, щоправда, самі мощі ще в 1090 р. були перенесені в церкву преподобного Феодосія Печерського. А з Діонісієм Щепою у 1463 р. відбулося диво: у свято Великодня на вітання хресного ходу «Христос воскрес!» його мощі з печери відповіли «Воістину воскрес!».
Сповнені загадок і Звіринецькі печери, розташовані неподалік від Києво-Печерського монастиря. У 1871 р. на Звіринці був заснований Іонійський монастир Свято-Троїцкий, за 750 м на північний захід від якого знаходилися т.з. Звіринецкі печери. Вважається, що вони виникли раніше печер Лаври — у кінці X ст. на місці колишнього звіринця, в якому утримували диких тварин бояри і князі. А можливо, ця місцевість була названа так через те, що в княжі часи тут влаштовувалися звірині лови.
Коли на Київ напали орди Батия, місцеве населення і ченці сховалися в цих печерах. Вороги, побачивши, де сховалися кияни, засипали вхід, і люди, які знаходилися в підземеллях, загинули від задухи й голоду. Про печери на багато століть забули. Проте в 80-х роках XIX ст. душі живцем похованих почали поставати перед місцевою мешканкою Феодосією Матвенковою і просити молитви, а деякі й їжі. Коли жінка замовила в Іонійському храмі панахиду за вбитими, явлення припинилися. Проте ігумен Валентин вирішив в буквальному розумінні «докопатися» до істини. У цьому йому допоміг впливовий киянин князь Володимир Жевахов. У 1911 р. він орендував ділянку, на якій знаходився вхід в Звіринецькі печери, і організував археологічні розкопки. Сам же князь оселився в курені неподалік і навіть постригся в ченці. Археолог І. Каманін, проаналізувавши знахідки (залишки чоток, чернечих поясів, одягу і взуття), прийшов до висновку, що печери засновані ще до нашестя Батия. Крім того, було знайдено багато чернечих могил, що свідчило про існування тут в давнину обителі. Печери в плані нагадували трикутник, утворений прямими обштукатуреними коридорами. У нішах-локулах або тримісних криптах ховали ігуменів, поважних старців і братію. У центрі однієї з підземних вулиць розташований храм, на стіні якого збереглися унікальні графіті — продряпаний на ліссовій глині список звіринецьких ігуменів.
Після досліджень 1911 р. ігумен Валентин відкрив тут скит з наземним храмом Різдва Божої Матері, що проіснував до 1934 р. Через 50 років — в 1990 р., Звіринецькі печери стали філією Музею історії Києва, а в 1997 р. їх відкрили для віруючих.
Подвижники, поховані в Звіринецьких печерах, були канонізовані. Але їх останки були багато разів потурбовані, переміщені, і зараз кістки складені в окремі купи в нішах, а черепи поміщені в невеликі гробниці. З настінного синодика відомі імена ігуменів Леонтія, Маркіана, Михайла, Міни, Климента, Мануїла. Андроника Печерника і Феодора Каліки.
У 12 кілометрах на південь від Лаври знаходився Пречистенський Гнілецький монастир, в печерах якого час від часу усамітнювався преподобний Феодосій Печерський. Після розорення Києва в XIV ст. монастир занепав і остаточно спустів у XVI ст. Знов відкрив ці печери святий Інокентій Борисов, а в 1900-1902 рр. при них почав діяти монастир Різдва Богородиці — Скит Пречистої. З 1922 р. Гнилецьке урочище виконувало функції місця позбавлення волі, — монастир до 1928 р. співіснував поряд з колонією для неповнолітніх. Під час війни обитель знов відкрилася і діяла до кінця 40-х років поряд з табором для військовополонених. З 1991 р. Музей історії Києва проводить археологічні дослідження цих багатоярусних печер. Чернечі захоронения в них не збереглися, залишилися лише залишки підземного храму.
Печерна обитель в XVI-XVII ст. заснована і в так званій Китаєвській пустелі — скиті Києво-Печерського монастиря, при якій в наші дні відновив свою діяльність монастир. Проте внаслідок руйнувань, заподіяних за роки радянської влади, в Китаєвських печерах також не збереглися стародавні поховання, тому важко судити, чи були там мощі, подібні до лаврських.