Экосистема кенийского озера Богория уникальна. Оно отличается рекордной солёностью воды: в засушливые месяцы может достигать 100 промилле (средняя солёность Мирового океана — 35 ‰). Изучение выявило, что оно не всегда было столь солёным: за свою тысячелетнюю историю озеро несколько раз было пресноводным, а затем в нем снова возрастала концентрация соли.
В озере также высок показатель кислотности — до 10,5 pH. Объясняется это следующим. По берегам озера и в его окрестностях располагаются щелочные гейзеры, их наличие весьма нетипично для Африки. Хотя конкретно Богория располагается в кратере давно потухшего вулкана, что и указывает на формирование в этом районе гейзеров. Сегодня горячих источников насчитывается не более десятка: в 1975 году было 18, но с течением времени некоторые из них исчезли. Температура воды в них варьирует от 39° до 98°. Кенийцы приписывают воде магические свойства. По их мнению, она может вылечить от множества недугов, от кожных заболеваний до стресса. Для этого нужно постоять под ниспадающими струями гейзеров.
В экстремальных условиях озера обитают цианобактерии (бактерии, способные к фотосинтезу, который сопровождается выделением кислорода) и коловратки – крошечные многоклеточные животные размером в несколько миллиметров. Эти простейшие виды, коих здесь видимо-невидимо, являются основным кормом для фламинго. Поскольку пропитания достаточно, то в зависимости от времени года на Богории одновременно могут обитать от 500 000 до 2 млн особей.
С начала 1970-х озеро охраняется в рамках Рамсарской конвенции – это международный документ о водно-болотных угодьях, защищающий местообитание водоплавающих птиц. В 2011 году озеро Богория и рядом расположенные такие же мелководные Накуру и Эльментейта были признаны объектом Всемирного наследия ЮНЕСКО, получившим название «Система озёр в Великой рифтовой долине».
В Рифтовой долине сложилось самое представительное в мире разнообразие пернатых – до 13 видов, которым угрожает полное уничтожение за пределами заповедника. Территория также является самым обширным среди известных местом выгула малых фламинго и одним из наиболее значительных мест гнездования и выкармливания птенцов больших пеликанов. В заповеднике обитают значительные популяции млекопитающих, включая чёрного носорога, жирафа Ротшильда, большого куду, льва, леопарда и дикой собаки. Этот район представляет большую ценность с точки зрения возможности изучения важнейших экологических процессов.